La función CargarPDB se encuentra en el interior de la librería BioTools y es capaz de leer, extraer y guardar en una estructura matricial denominada TPDB los principales campos de un fichero PDB cargado en un memo. Esta función es esencial para llevar a cabo la mayor parte de las actividades del Cuaderno de Actividades.
La función se ha diseñado de tal manera que es capaz de recorrer los campos de un memo y, mediante el reconocimiento de cadenas de caracteres y teniendo en cuenta a qué posiciones de la línea corresponde cada uno de los datos en un PDB, permite extraer la información deseada.
En concreto, esta función lleva a cabo la creación de dos estructuras matriciales en las que se guarda la información más relevante, denominadas como tipo TPDB y tipo TAtomPDB, cuyos campos se indican a continuación:
TPDB
Incluye los campos más relevantes de la proteína:
- Header. Es el cabecero de la proteína. En él se ha incluido el campo Title del PDB que, como su nombre indica, es el título del archivo PDB.
- Atm. Se corresponde a todos los átomos de la proteína, con todos los campos correspondientes característicos del archivo PDB. En concreto, el tipo de variable de este campo es TAtomPDB, que se comentará a continuación.
- TotalAtm. Recoge el número total de átomos del PDB.
- ResIndex. Recoge los números de ficha correspondientes a los carbonos alfa.
- TotalResiduos. Indica el número total de residuos de la proteína.
TAtomPDB
Incluye todos los campos que describen a un átomo en un fichero PDB:
- NumAtomo. Es el número del átomo.
- ID. Indica qué tipo de átomo es dentro de la nomenclatura característica de los átomos que constituyen un aminoácido.
- AA. Recoge el nombre del aminoácido del que forma parte.
- Sub. Indica a qué subunidad de la proteína pertenece el átomo/aminoácido.
- Residuo. Recoge el número del residuo/aminoácido al que pertenece.
- Coor. Son las coordenadas tridimensionales del átomo. Este campo es una variable del tipo TPunto, formado por los campos 'X', 'Y', 'Z', correspondientes al valor de la coordenada X, Y, Z, respectivamente.
- Temperature. Recoge el factor de temperatura asociado a ese átomo.
