Para la realización de la actividad se han desarrollado un conjunto de funciones, incluidas en la librería BioTools y comentadas en la actividad 2, que permiten calcular las coordenadas transformadas de cualquier átomo a partir de las coordenadas originales en formato TPunto. Las funciones permiten llevar a cabo las siguientes transformaciones: traslación, rotación en torno a un eje deseado, la rotación frente al eje X, Y o Z y el escalamiento de las coordenadas de un átomo.
En concreto, para la realización del estereodiagrama se ha desarrollado un programa que representa en Rasmol una región de 3.5 angstrom en torno al primer residuo de fenilalanina del fichero PDB asignado, antes y después de llevar a cabo una rotación de 5 ó -5º en torno al eje Y (a elección del usuario, que puede necesitar la rotación un ángulo u otro). Esta rotación da lugar a dos imágenes que, observadas de forma conjunta, dan lugar a una visualización en la que se aprecia cierta tridimensionalidad.
La imagen resultante del programa es la siguiente:
Figura 1. Esteriodiagrama obtenido. La imagen A consistiría en la representación de la región de la primera fenilalanina del PDB asignado sin rotar y la imagen B representa la misma región rotada -5º en torno al eje Y.
