El programa desarrollado para esta actividad es capaz de proyectar en el plano XY (siendo el eje Z el perpendicular al plano "o a la pantalla") de los diez primeros carbonos alfa de una proteína y, a continuación, se hacen las transformaciones necesarias para alinear el primer y el décimo carbono en el eje Z, en el origen de coordenadas del plano XY. Todas las transformaciones necesarias para llevar a cabo esto se aplican a todos los carbonos. Por último, el resultado de las transformaciones se puede comprobar en Rasmol, desde el propio programa desarrollado.
Hay que mencionar que todas las funciones se han desarrollado en base a una librería (dynmatrix) que permite operar con matrices con facilidad.
El programa se ha desarrollado de tal manera que se puede observar cada una de las transformaciones por pasos. Aprovechando esta característica del programa, se van a comentar las transformaciones necesarias junto a los resultados obtenidos con el PDB asignado:
- El primer paso consiste en trasladar el primer átomo de carbono hasta el origen de coordenadas. Esto se lleva a cabo gracias a la función traslacion (en la librería BioTools), que tiene en cuenta las coordenadas del primer carbono para hallar cuál es la variación en cada una de las dimensiones necesaria para llevarlo hasta el origen de coordenadas. El resultado del primer paso se muestra en la figura 1.
Figura 1. Representación en el plano XY de los diez primeros carbonos alfa tras la primera transformación del programa.
- El segundo paso consiste en una rotación en torno al eje X hasta que el primer y el último carbono alfa se encuentran en el plano XZ. La función empleada es rotacionX (en la librería BioTools), que realiza la rotación de los carbonos respecto al eje X hasta que el eje (parámetro de entrada), formado por el primer y el último carbono, está contenido en el plano XZ. El resultado del segundo paso se muestra en la figura 2.
Figura 2. Representación en el plano XY de los diez primeros carbonos alfa tras la segunda transformación del programa
- Por último, se hace una rotación en torno al eje Y hasta que el primer y el último carbono se encuentren justo en el origen de coordenadas, consiguiendo así el alineamiento buscado. La función empleada es rotacionY (en la librería BioTools), que realiza la rotación de los carbonos respecto al eje Y hasta que el eje (parámetro de entrada), formado por el primer y el último carbono, coincide con OZ. El resultado del tercer y definitivo paso se muestra en la figura 3.
Figura 3. Representación en el plano XY de los diez primeros carbonos alfa tras la tercera transformación del programa
Además, como se ha comentado anteriormente, el programa permite llamar a Rasmol para comprobar que la transformación se ha llevado a cabo adecuadamente. En el caso del PDB asignado, el resultado ha sido exitoso (figura 4).
Figura 4. Representación en Rasmol de los resultados obtenidos. A la izquierda se muestra la representación con el primer átomo y el último carbono en el eje perpendicular al plano de la pantalla. A la derecha se muestra una visión lateral.
