El programa desarrollado permite realizar el reemplazamiento de la primera fenilalanina del PDB por una tirosina. A continuación se comenta cómo se ha realizado este programa:
- La diferencia entre la fenilalanina y la tirosina es la presencia en ésta última de un átomo de oxígeno unido al CZ del residuo. Para calcular qué posición tendría este átomo en la proteína, primero se calculó la distancia media que existe entre el CZ y el oxígeno en las tirosinas de la proteína. A continuación, se tuvo en cuenta la coplanaridad del anillo para calcular la dirección y el sentido del vector que hay que sumar a las coordenadas de CZ para obtener las coordenadas del oxígeno. Finalmente, se sumó al CZ un vector con la dirección y sentido del vector formado desde el CG al CZ.
Figura 1. Fenilalanina y la nomenclatura de sus átomos.
- Se llevó a cabo la modificación de los campos de los átomos de la fenilalanina para que sean reconocidos como átomos de la tirosina en el Rasmol.
- Se introdujeron todos los campos del nuevo átomo de oxígeno para que fuera reconocido como átomo de la tirosina en el Rasmol.
- El programa permite guardar la proteína sin mutar y mutada y los comandos adecuados para después observar este aminoácido y su entorno antes de realizar la mutación y después. Así, se puede llevar a cabo una evaluación de las distorsiones estéricas producidas por este cambio.
A continuación se muestran una serie de parejas de imágenes (figura 1) del entorno con el cambio realizado o no, obtenidas gracias al uso del programa desarrollado.
Figura 1. Observación del entorno del residuo antes (A) y después (B) de la modificación.
Aunque en algunas imágenes puede parecer que el átomo de oxígeno introducido puede causar impedimentos estéricos importantes, el átomo más próximo al átomo de oxígeno se encuentra a 2.925 angstrom (calculado con set picking distance de Rasmol). Teniendo en cuenta que para la formación de un puente disulfuro es necesaria una distancia de en torno a 2 angstrom, un valor más elevado, se podría decir que la introducción del átomo de oxígeno no va a producir cambios estructurales importantes en la proteína.
