Para la realización de esta actividad se ha desarrollado un programa que es capaz de predecir entre qué residuos de cisteína se producen puentes disulfuro. Para la predicción se lleva a cabo un cálculo de las distancias existente entre todos los átomos de azufre de todas las cisteínas de la proteína. Se establece un valor umbral de manera que, si la distancia es menor de ese valor, se considera que se produce un puente disulfuro entre estos residuos. Mediante el estudio del campo 'SSBOND' de distintos PDB, donde se indica la distancia existente entre los residuos de cisteína que participan en el enlace, se ha determinado que el valor umbral adecuado es de 2.1 angstrom.
Mediante este procedimiento tan sencillo se ha conseguido predecir el 100% de los enlaces disulfuro intra e intercatenarios del PDB adjudicado y las otras cinco proteínas que se han analizado (2QWQ, 2YK1, 2ZUP, 4INS, 9WGA).
A continuación se muestran los resultados devueltos por el programa:
Proteína asignada (3V4Y)
Según el PDB, no tiene ningún enlace disulfuro.
Figura 1. Resultado de la predicción producida por el programa para 3V4Y.
2QWQ
Según el PDB, se forma un único puente disulfuro entre el residuo 171 de la cadena 'A' y el residuo 876 de la cadena 'B'.
Figura 2. Resultado de la predicción producida por el programa para 2QWQ.
2YK1
Según el PDB, se forman los siguientes puente disulfuro:
- Entre los residuos 22 y 92 de la cadena H.
- Entre los residuos 140 y 196 de la cadena H.
- Entre los residuos 23 y 88 de la cadena L.
- Entre los residuos 134 y 193 de la cadena L.
Figura 3. Resultado de la predicción producida por el programa para 2YK1.
2ZUP
Según el PDB, se forman los siguientes puente disulfuro:
- Entre el residuo 30 de la cadena A y el residuo 104 de la cadena B.
- Entre los residuos 41 y 44 de la cadena B.
Figura 4. Resultado de la predicción producida por el programa para 2ZUP.
4INS
Según el PDB, se forman los siguientes puentes disulfuro:
- Entre los residuos 6 y 11 de la cadena A.
- Entre el residuo 7 de la cadena A y el residuo 7 de la cadena B.
- Entre el residuo 20 de la cadena A y el residuo 19 de la cadena B.
- Entre los residuos 6 y 11 de la cadena C.
- Entre el residuo 7 de la cadena C y el residuo 7 de la cadena D.
- Entre el residuo 20 de la cadena C y el residuo 19 de la cadena D.
Figura 5. Resultado de la predicción producida por el programa para 4ins.
12GS
Según el PDB, no tiene ningún puente disulfuro.
Figura 6. Resultado de la predicción producida por el programa para 12GS.
